Руины церкви св. Иоанна Богослова возвышаются над катакомбами, где собирались христиане Сиракуз в IV-VI веках особенно почитая это место, так как по преданию, здесь проповедовал апостол Павел. В этих катакомбах также находилась крипта первого епископа Сиракуз св. Марциана. Над ней в VI веке была построена базилика, уничтоженная сарацинами в 878 году. В XII норманны восстановили храм в готическом стиле. В 1693 году церковь св. Иоанна была разрушена землетрясением.