Каменная церковь на 2000 прихожан была заложена 22 октября 1906 г. на Петербургской стороне в Геслеровском переулке рядом с одноимённым деревянным храмом, построенном в 1873 г. на средства купца Алексея Дьякова (отчего произошло его название). Обе церкви принадлежали Дому милосердия, а после перенесения его в Лесное в 1912 г., стали приходскими. Каменный храм строился до 1909 г. под руководством автора проекта. Верхняя бесстолпная церковь была освящена в 1911 г. Тогда же напротив церкви началось сооружение по проекту А. Л. Лишневского жилого дома, стилистически соотнесённого с храмом. В 1932 г. церковь Алексия была закрыта и перестроена под завод.