Родился в семье видного деятеля искусств Е. И. Маковского, одного из основателей МУЖВЗ. С 1861 по 1866 учился в МУЖВЗ у С. К. Зарянко, Е. С. Сорокина и В. А. Тропинина. В 1869 получил звание классного художника первой степени и золотую медаль имени Виже-Лебрен за экспрессию. В 1873 за картину «Любители соловьев» был произведен в академики. В 1882–1894 преподавал в МУЖВЗ. В 1892
присвоено звание профессора. В 1894–1918 преподавал в ИАХ, руководил жанровой мастерской, в 1895 назначен ректором академии. Учениками Маковского были А. Е. Архипов, В. Н. Бакшеев, Е. М. Чепцов.
Лит.: Коллекция И. И. Бродского. Т. 2. Живопись и скульптура : полный каталог собрания / НИМ РАХ, Музей-квартира И. И. Бродского, авт-сост. Н. М. Балакина, О. В. Волкова, А. А. Пиотровская. — СПб.: НИМ РАХ, 2021. — 208 с.